एक किंवदन्तीअनुसार प्राचीन समयमा नेपालका कुनै एक राजा नियमितरूपमा भगवान् बद्रीनाथ र केदारनाथको दर्शन गर्न उत्तराखण्ड जाने गर्थे । त्यसबेला यातायातको कठिनाइ थियो । त्यहाँ आवतजावत गर्न महिनौ लाग्दथ्यो । भगवान्ले राजाको अनन्य भक्तिनिष्ठाबाट प्रसन्न भएर ‘अब उप्रान्त तिमी यहाँ आइरहनु पर्दैन, मेरो समन्नित रूप त्यही नेपालमा नै दर्शन गर्न पाउने छौ भनेकाले बूढानीलकण्ठ प्रादुर्भाव भएका हुन् भन्ने मान्यता पाइन्छ ।
भगवान् बूढानीलकण्ठको मूर्ति निकै पुरानो हो । यो कुन समयमा, कसले बनाएका हुन् सो कुरा कसैलाई ज्ञात छैन । किंवदन्तीअनुसार एक जना किसानले आˆनो खेत खन्दा उक्त मूर्तिको खुट्टाको औँलामा चोट लाग्न गई रगतसमेत देखिएकाले पछि सो स्थानमा उत्खनन गरी हेर्दा उक्त विशाल मूर्ति भेटिएको हो । खेत खन्ने किसानको नाम नीलकण्ठ रहेको हुँदा उसैका नामबाट प्रस्तुत मूर्तिको नाम नीलकण्ठ रहन गएको हो भन्ने पनि कथन छ ।
त्यसैगरी देवमाला वंशावलीमा राजा श्रृषभदेवले बूढानीलकण्ठको स्थापना गरेका हुन् भन्ने कुरा पनि उल्लेख छ तर उनले उत्खनन गरी जमिनमुनिबाट पाएको वा कुनै शिल्पीद्वारा बनाउन लगाई प्रतिष्ठित के गरेका हुन् स्पष्ट लेखिएको छैन । विक्रम संवत् ३९८ मा राजा मानदेव प्रथमले धेरै शिवलिङ्गहरूको स्थापना गरे भन्ने त छ तर नीलकण्ठबारे केही उल्लेख छैन ।
राजा प्रताप मल्ल बूढानीलकण्ठको उक्त भव्य मूर्तिलाई त्यहाँबाट हनुमानढोका दरबार लगी चोकमा राख्न एवं प्रतिष्ठापन गर्न चाहन्थे । यत्तिकैमा राजालाई सपनामा यो मूर्ति यहाँबाट कहीँ नलग्नु, स्थानान्तरण नगर्नु र तिमी र तिम्रा उत्तराधिकारीहरूले यो मूर्तिको दर्शन पनि नगर्नु, गरेमा अनिष्ठ हुनेछ भन्ने किंवदन्ती छ ।
बूढानीलकण्ठ प्रसिद्ध तीर्थस्थल हो । यहाँ नीलकण्ठ भगवान्को नित्य पुजारीहरूबाट स्नान, श्रृङ्गारको साथै श्रीखण्ड, चन्दन, केशरी, जौ, तिल, अक्षता, फूल दुबो चढाई धूप, दीप, नैवेद्य प्रसादमा मनभोग, मालपुवासमेत मिष्ठान्नको भोग लगाएर पञ्चोपचार एवं विशेष अवसरमा षेडशोपचारले वैदिक विधिपूर्वक भगवान्को पूजा गर्छन् । दैनिक साँझ आरती हुन्छ । पूजाका लागि गुठीको व्यवस्था छ ।
भगवान् नीलकण्ठको प्रस्तुत शेषशायी पोखरी परिसरमा अन्य देवीदेवताका मूर्तिहरू एवं शिवलिङ्गहरू पनि छन् । सत्तल, पाटीहरूका साथ यज्ञशाला, होम कुण्डहरू पनि छन् । भगवान्को दर्शन पूजन गर्नाले धन धान्यादिले परिपूर्ण हुनुका साथै स्त्री पुत्रबाट सुख सन्तोष भई अन्तमा नारायण गति प्राप्त हुन्छ भन्ने नेपाल महात्म्य, हिमवत्खण्डमा उल्लेख गरिएको छ ।
यस पवित्र तीर्थस्थलमा श्रावण महिनाभरका सोमवारहरू, कार्तिक शुल्कद्वादशी र वैशाख महिनाभर मेला लाग्ने चलन छ । त्यसबेला भगवान्को विशेष पूजा गरिन्छ ।
बूढानीलकण्ठ नाम पनि निकै घतलाग्दो छ किनभने मूर्ति, चतुर्भुज भगवान् नारायणकै प्रतित हुन्छ । भगवान्का चारहातमध्ये तीन हातमा शङ्ख, चक्र र गदा रहेको छन् भने चौथो हातमा कमलको फूल हुनुपर्नेमा अलिकति फरक विभूति खरानीको डल्ला जस्तो रहेको देखिन्छ । प्राचीन समयमा समुद्र मन्थन गर्दा बहुमूल्य रत्नहरू र अमृतसमेत उपलब्ध हुँदा भयङ्कर कालकुट विष पनि अगाडि पर्न आएकोले देवता र असुरहरूबीच कोलाहल मच्चियो । भगवान् शिवले कोलाहललाई साम्य पार्न उक्त हल्ााहल विष पान गर्नुभयो । उक्त विष निल्न उपयुक्त नभएकोले आˆनो घाँटीमा अड्काएर राख्नुभयो । विषको प्रभावले शिवको घाँटी नीलो भयो । त्यसैले उहाँलाई नीलकण्ठ भनियो । बूढा शब्द आदरार्थी वाचक हो । पुजनीय अर्थमा विभूषित गर्न बूढा शब्द नीलकण्ठका अगाडि राखिएको भन्ने तर्क गर्छन् हिन्दू धर्मावलम्बीहरू बौद्वमार्गीहरू बूढा शब्दलाई बुद्ध भन्ने अर्थ लगाई बुद्ध नीलकण्ठ पनि भन्छन् ।